Pelo Decreto-Lei n.º 23/2012, de 1 de fevereiro, alterado e republicado pelo Decreto-Lei nº 153/2015, de 7 de agosto, com posteriores alterações pelo Decreto-Lei n.º 108/2018, de 3 de dezembro, e pelo Decreto-Lei n.º 87/2020, de 15 de outubro, foram estabelecidas quatro áreas principais para a intervenção da IGAMAOT – controlo, inspeção e auditorias aos serviços e organismos na sua esfera de atuação, nas respetivas áreas de administração e gestão, e nas áreas de missão, designadamente no âmbito da regulação e da segurança alimentar e o controlo de apoios financiados por fundos nacionais e fundos da UE e, nas áreas do ambiente, da proteção radiológica, do ordenamento do território e da conservação da natureza, o acompanhamento permanente e avaliação da legalidade.